ปัจจุบัน สถาบันโภชนาการ มีการดำเนินการแยกขยะ ออกเป็น 4 ประเภทดังนี้

1. ขยะทั่วไป ได้แก่ เศษอาหาร ถุงพลาสติกใช้แล้ว กล่องโฟม กระดาษทิชชู่ เป็นต้น
2. ขยะรีไซเคิล ได้แก่ ถ้วยพลาสติก ขวดพลาสติก กระป๋องเครื่องดื่ม กระป๋องน้ำอัดลม กล่องนม กล่องน้ำผลไม้ เป็นต้น
3. กระดาษแห้ง ได้แก่ กระดาษที่พิมพ์แล้ว เป็นต้น
4. ขยะอันตราย ได้แก่ ถ่ายไฟฉาย กระป๋องยาฉีดฆ่าแมลง แบตเตอรี่มือถือ กระป๋องสีสเปรย์

การจัดการขยะ
     ขยะทั่วไป (ข้อ 1) จะถูกนำไปทิ้งให้เทศบาลนำไปจัดการตามปกติ ส่วนขยะที่รีไซเคิลได้ ได้แก่ ขยะที่อยู่ในถังขยะรีไซเคิล (ข้อ 2), ถังกระดาษแห้ง (ข้อ 3) กรงเหล็กจะถูกนำไปขายนำเงินเข้าบัญชีกองทุนขยะรวมใจของสถาบัน ตามนโยบายของมหาวิทยาลัยมหิดล (ข้อ 4) ขยะอันตราย จะถูกนำไปทิ้งที่กองกายภาพและสิ่งแวดล้อม

การประหยัดกระดาษสำนักงาน
1. ใช้กระดาษทั้งสองด้านก่อนนำไปสร้างมูลค่าเพิ่ม หรือแบ่งปันให้หน่วยงานอื่น ๆ นำบางส่วนที่ยังไม่ถูกใช้งานกลับมาใช้ให้เต็มหน้ากระดาษต่อได้
2. แยกกระดาษที่ผ่านการใช้ประโยชน์แล้ว เพื่อให้ง่ายต่อการนำไปใช้งานต่อหรือสร้างมูลค่าเพิ่ม
3. หลีกเลี่ยงการใช้กระดาษปะหน้าโทรสารหรือกระดาษโน้ดเต็มหน้ากระดาษ
4. ส่งผ่านข้อมูลข่าวสารต่างๆ ผ่าน e-mail USB หรือแผ่น CD แทนการส่งข่าวสารข้อมูลโดยเอกสาร
5. เมื่อมีการผลิตเอกสารใด ๆ หากมีการตรวจแก้ไข ให้ทำบนจอภาพแทนตรวจแก้ไขบนกระดาษ
6. หลีกเลี่ยงการถ่ายเอกสารโดยเครื่องโทรสาร หรือเครื่องพิมพ์เอกสารที่สามารถถ่ายเอกสารได้
7. ให้ใช้กระดาษที่ผ่านกระบวนการผลิตแบบ Recycle แทนการใช้กระดาษขาว ในการทำงานเอกสาร เป็นต้น

ทำน้ำปุ๋ยแห้งและหมักชีวภาพใช้เอง ลดการใช้ปุ๋ยสารเคมี และไม่เสียเวลาและ สถานที่ในการจัดเก็บและขนขยะไปทิ้ง

การประชาสัมพันธ์
      ได้มีการประชาสัมพันธ์และรณรงค์ ผ่านทางจอ LCD ของสถาบัน ที่ประชุมสายสนับสนุน ที่ประชุมอาจารย์นักวิจัย และการปฐมนิเทศน์นักศึกษาของสถาบัน